הבקר מחולק לבקר לוגי קומבינציוני ולבקר מיקרו-תוכנית, שלשניהם יתרונות וחסרונות משלהם.בקר הלוגיקה השילובי קשה לתכנון ובעל מבנה מורכב.לאחר השלמת העיצוב, לא ניתן לשנות או להרחיב אותו, אבל הוא מהיר.העיצוב של בקר המיקרו-תוכנות נוח, המבנה פשוט ונוח לשינוי או הרחבה.כדי לשנות את הפונקציה של הוראת מכונה, רק צריך לתכנת מחדש את המיקרו-תוכנית המתאימה;עם זאת, הוא עושה זאת על ידי ביצוע גריסה.ההשוואה הספציפית היא כדלקמן: בקרי לוגיקה קומבינטוריים, הידועים גם כבקרים עם חוטים קשיחים, מורכבים ממעגלים לוגיים ומסתמכים לחלוטין על חומרה כדי לממש את הפונקציות של הוראות.